Bliskość Afryki sprawia, że na obszarze Jeziora Szkoderskiego żyje sporo gatunków ptaków typowych dla tego kontynentu. W sumie występują tu 264 gatunki ptaków (w tym ponad 100 gatunków ptaków wędrownych), także znane z polskich bagien i jezior, między innymi: świstun, kaczka krzyżówka, różeniec, płaskonos, cyraneczka, głowienka, gęś gęgawa, gęś mała, bekas kszyk, pelikan kędzierzawy, czapla biała, warzęcha, ibis kasztanowy, myszołów, orzeł południowy, orzeł włochaty i orzeł grubodzioby.
Oprócz ssaków żyjących na lądzie, takich jak: wilk, zając szarak, wiewiórka pospolita, lis i dzik, możemy też spotkać ssaki żyjące w wodzie: rzęsoreka rzeczka, szczura wodnego, wydrę. W ciepłych wodach Jeziora Szkoderskiego występuje 48 gatunków ryb ciepłolubnych, między innymi: ukleja, karp, kleń, karaś, płoć, wzdręga, węgorz – „jegulja”.
Należy wiedzieć, że wszystkie żyjące tu gady są pod ścisłą ochroną, między innymi węże: zaskroniec i połoz lamparci, żółw błotny, a także żmije jadowite: żmija nosoroga (poskok) i żmija zygzakowata. Gadem endemicznym, żyjącym jedynie na obszarze jeziora, jest jaszczurka ostropyska. Co ciekawe, na obszarze Jeziora Szkoderskiego żyje pelikan kędzierzawy („Pelecanus crispus”), największy przedstawiciel tego gatunku ptaków. Pelikan charakteryzuje się jedyną w swoim rodzaju skórzastą kieszenią pod ponadpółmetrowym dziobem, która służy głównie do łowienia ryb i przechowywania wody w letnie dni.
Warto wiedzieć, że pod koniec XVIII wieku zoolog Spiridon Brusina z Zagrzebia oraz ornitolodzy Ljudevit Firer i Otmar Raiser zbadali populację jeziora i zaobserwowali stada pelikanów liczące ponad 200 sztuk (duża kolonia pelikanów żyła również na Jeziorze Zogajskim koło Ulcinja). Jeszcze w 1977 roku zaobserwowano 52 gniazda i 46 piskląt. Obecnie liczba par pelikanów gnieżdżących się na Jeziorze Szkoderskim bardzo się zmniejszyła. Według niektórych badaczy obecnie na obszarze jeziora gniazda zakładają 2-3 pary ptaków tego gatunku.
Podobno całkiem niedawno próbowały zagnieździć się na wyspie Grmożur, ale z powodu bliskości cywilizacji niebawem opuściły to miejsce. W zimie wiatry i fale tworzą skupiska zeschniętych trzcin i traw obrastających brzegi jeziora. W ten sposób powstają „arbunosi”, małe pływające wysepki, na których pelikany zakładają swoje gniazda. Intensywnie „nawożone” odchodami pelikanów, „arbunosi” bardzo szybko zarastają trzciną i w ten sposób zaczyna brakować miejsca na gniazda. Natomiast zanieczyszczenia powodują coraz intensywniejsze zarastanie brzegów, co w efekcie nie pozwala na przenoszenie uschniętych trzcin i tworzenie miejsc na gniazda; między innymi dlatego właśnie liczba pelikanów na Jeziorze Szkoderskim zaczęła drastycznie spadać.
Do ich stopniowego zaniku przyczyniła się również obecność człowieka. Przez długi okres pelikany były celem polowań.